마이크로프로세서 HOTATmega128에서 5상 스텝핑모터구현시 진동과 소음문제??

ATmega 128, motor drive를 이용하여  5상 stepping motor을 구동하고 있습니다.
PWM제어를 통하여 motor를 구동하는데 motor 특성의 진동 대역에서 구동을 해야하는 문제가 발생하였습니다.

예를 들어 진동대역이 800PPS~950PPS을 갖고있는 모터를 20mS동안 850PPS, 다음으로 20mS동안 900PPS로 모터를 구동해야합니다. (구동시간은 20mS로 등시간이어야  한다는 조건이 있습니다.)

SW적으로 듀티비를 20%에서 80%까지 5%씩 증가하면서 모터를 구동하였으나 별다른 효과를 보지 못하였습니다.
SW적으로  어느 정도까지 진동/소음을 잡을수 있는 것인지 궁금합니다. 

SW를 이용하여 최대한 진동/소음을 적게 한 후 HW적으로 진동/ 소음을 잡으려고 합니다. 

HW적으로 댐퍼를 이용하거나, 방진고무를 이용한 치구 방법이 있었으나 HW적인 방법은 마지막으로 생각하려고 합니다.

 선배님들의 고견을 부탁드립니다. 
늘 감사, 늘 사랑, 늘 행복 하시길 기원합니다.